Desde 1828 fue sede del Instituto Literario, cuyo primer director fue Fray José de Jesús Villapadierna; en esa época la religión formaba parte de las actividades escolares, ya que tanto dentro como fuera del plantel se practicaban misas, procesiones y festivales religiosos.
En 1867 se suprimieron las enseñanzas y prácticas de carácter religioso, intensificándose el estudio de las ciencias sociales y jurídicas. En 1886 cambia su nombre a Instituto Científico y Literario del Estado de México.
En 1956 se convirtió en la Universidad Autónoma del Estado de México. Actualmente el edificio alberga las oficinas de la Rectoría, el Museo de Ciencias Naturales, el Observatorio Meteorológico, el Museo José María Morelos, el Aula Magna y el Teatro de Cámara "Esvón Gamaliel".
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