Entre las problemáticas que interfieren en una efectiva defensa de sus derechos fundamentales, la CODHEM ha documentado las circunstancias de privación de libertad en la que se encuentran las cuales no se asemejan a las medidas de respeto y dignidad humana lo cual provoca una gran afectación en su desarrollo individual, esto poniendo en primera fila la necesidad de tomar medidas que estén a la altura de sus derechos individuales.
El Informe sobre los Derechos Fundamentales de las Mujeres Privadas de Libertad en la Infraestructura Penitenciaria del Estado de México tiene como principales cuestiones a solucionar la sobrepoblación y el hacinamiento; la falta de instalaciones y servicios para una buena instancia, el déficit de personal y la carencia de recursos para atender a mujeres embarazadas, todo esto alejado de las normas nacionales e internacionales, pactos, convenciones y tratados internacionales de derechos humanos.
El sistema penitenciario mexiquense es el mas grande del territorio nacional con 31 mil 500 personas privadas de libertad (PPL), el cual fue diseñado para el sector masculino, sin embargo se han ido modificando para recibir a mujeres, lo cual ha sido insuficiente e inadecuado, la única penitenciaria femenil existente exclusivamente para mujeres es la de Nezahualcóyotl Sur.